RStudio ServerをDockerで使うときのメモ

0. はじめに

RとRStudioもDocker containerとして使えれば少しめんどくさかったインストール工程 (Ubuntu20.04にRとRStudioをインストールする) をやらなくても良いのではないだろうか,と考えた.

調べたところ,RockerというものでRStudio ServerをDockerで使えるらしい1

今回は備忘録として,Rockerを使ったときのメモを残すことにした.

1. 準備

最低限必要なことは,Docker Engineのインストールである.UbuntuへのDocker Engineのインストールは以前記事にした2.WindowsやMacについては他にも様々な記事があると思う.

2. 使い方

今回は,rocker/tidyverse を使う.おそらくrocker/verse なども同様の方法でできると思う.

まず,イメージファイルをローカルなマシンに落とす.これは,docker pull コマンドを用いればよい.

docker pull rocker/tidyverse

イメージファイルがあるかどうかは,次のコマンドで調べられる.

docker image ls | grep tidyverse

例えば,私のマシンで実行すると以下のように出力された.確かに rocker/tidyverse のイメージファイルがあることがわかる.

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~$ docker image ls | grep tidyverse
rocker/tidyverse                                latest                  63d48e0c8338   9 days ago      2.41GB

イメージファイルがある状態で,以下のように docker run コマンドを実行すればバックグラウンドでRStudio Serverが立ち上がる.

docker run --rm -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=[yourpasswordhere] -v [mountdir]:/home/rstudio rocker/tidyverse

ここで,それぞれのオプションは以下のようなものである.

  • --rm: コンテナの終了後にコンテナを削除する.
  • -d: 端末から切り離してバックグラウンドで実行する.
  • -p: ポートマッピングを設定する.
    -p [port number (host)]:[port number (container)]
    
  • -e: 環境変数を設定する.
  • -v: ボリュームをマウントする.
    -v [host directory]:[container directory]
    

このコマンドの実行後,http://localhost:8787/ にアクセスすればユーザ名とパスワードの入力画面が出てくる.そこで,ユーザ名に rstudio を入力し,パスワードに -e で指定したパスワードを入力する.

実際に私のマシンでやってみる.~/r_sample というディレクトリをマウントする.

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ ls
requirements.r  test.r
tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker run --rm -d -p 8787:8787 -e PASSWORD=mypassword -v $(pwd):/home/rstudio rocker/tidyverse
83136d6a3c656386e74d14899e0ad55d4b10603ade1bad0dfe7dbde88e07e75c

この状態で,http://localhost:8787/ にアクセスすると,以下のようにユーザ名とパスワードの入力画面が出てくる.

fig1
ユーザ名とパスワードの入力画面

ユーザ名に rstudio,パスワードに指定したパスワードを入力し,サインインすると,次のような画面になる.

fig2
RStudio Server

先程見た~/rsample がマウントされていることがわかる.あとは必要なパッケージをインストールするなどしたら使えるようになる.

コンテナ内のRStudio Server側でrのソースコードを書き換えるとそれがマウントしたローカルなディレクトリにも反映される.

今起動しているDocker containerを docker ps コマンドで見ると,

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker ps
CONTAINER ID   IMAGE              COMMAND   CREATED         STATUS         PORTS                                       NAMES
83136d6a3c65   rocker/tidyverse   "/init"   7 minutes ago   Up 7 minutes   0.0.0.0:8787->8787/tcp, :::8787->8787/tcp   inspiring_nash

となっている.コンテナを docker stop コマンドで終了した後に docker ps -a コマンドでコンテナ一覧を見る.

tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker stop inspiring_nash 
inspiring_nash
tcbn@tcbn-V530-15ICR:~/r_sample$ docker ps -a | grep tidyverse

--rm オプションで指定したとおり,終了後のコンテナが削除されている.

3. まとめ

今回は,RStudio ServerをDockerで使うときのやり方を簡単にまとめた.例えば,rocker/tidyverse をイメージファイルに指定してDockerfileを作り,使いやすい環境を作るといったこともできる.


  1. R Docker tutorial ↩︎

  2. Ubuntu20.04にDocker Engineをインストールする ↩︎

Ai Tachibana (Kosuke Toda)
Ai Tachibana (Kosuke Toda)
master’s student

修士2年です.興味があることを少しだけ触ってます.飽きっぽいです.

関連項目